復旦大學附屬兒科醫院廈門分院（廈門市兒童醫院）系廈門市衛生和計劃生育委員會管理的全民事業單位，是廈門市委、市政府重大民生工程項目，建設發展目標是建成集醫療、教學、科研、預防保健為一體的海峽西岸一流的三級甲等兒童專科醫院。醫院由復旦大學附屬兒科醫院負責管理，秉承“一切為了孩子”的服務理念，努力為兒童提供有效、快捷、安全、方便的醫療保健服務。 醫院位于廈門市湖里區宜賓路92-98號，建筑面積7.39萬平方米，編制床位500張，2014年6月1日順利開業。在復旦大學附屬兒科醫院的引領和指導下，經過三年的努力，醫院目前已平穩開放24小時急診、兒內科、兒外科、特約高級專家門診等34個臨床醫技科室，開放新生兒醫學中心、兒童保健中心、兒童重癥醫學中心、康復醫學中心、內鏡中心五大醫療中心，到2017年底開放床位400張（包括綜合內科一區、綜合內科二區、綜合內科三區、綜合外科一區、綜合外科二區、新生兒醫學中心、兒童重癥醫學中心、特需病房等八個病區），各項業務均平穩運行，三級兒童醫院的框架已經形成。 醫院海納國內外兒科領域的多名專家任學科帶頭人，技術力量雄厚。復旦大學附屬兒科醫院對廈門分院實行品牌、管理和技術的平移。兩院之間專家互訪，建立統一的門診工作平臺，開通遠程會診平臺和疑難危重患兒轉診復旦大學附屬兒科醫院的綠色通道，實現無縫對接。復旦大學附屬兒科醫院托管的廈門市兒童醫院已成為閩西南有影響力的兒童專科醫院。 醫院專業設置齊全，重點科室有NICU、PICU、小兒呼吸內科、小兒消化內科、小兒神經內科、中醫兒科、新生兒外科、小兒普外科、小兒骨科、小兒泌尿外科、兒童保健中心、康復醫學中心等，配有先進的潔凈手術室。醫院擁有現代化醫療設備，包括3.0T西門子磁共振、64排飛利浦微平板CT、彩色超聲診斷儀、24小時動態腦電圖、電子胃鏡、腸鏡、3D腹腔鏡、嬰幼兒肺功能儀、視頻腦電圖、化學發光儀、特定蛋白測試儀、流式細胞儀、德國布魯克微生物質譜儀、串聯質譜儀等先進診療設備。 醫院各項高難度業務服務相繼開展，如：開展小兒胃鏡腸鏡技術、小兒纖支鏡檢查、新生兒外科開展食道閉鎖、膈疝等開胸手術，以及小兒神經外科開展早產兒高難度手術，以及PICU和NICU開展機械通氣，NICU開展換血技術和亞低溫治療、NO吸入等。其中如先天性食道閉鎖的腔鏡手術、膽道手術、早產兒救治都達到了國內一流水平。新生兒醫學中心開通24小時院前轉運,接受廈門市及周邊地區近34家醫院（包括8家三級醫院）轉診危重癥患兒。